Alcune letture

1.  Applicazione dell' algoritmo del Simulated Annealing: "Sequencing DNA fragments by using a simulated annealing algorithm".
     Si tratta di risolvere un problema di ordinamento in biologia molecolare, noto come multiple digest problem, tramite l'algoritmo SA.
     Tale algoritmo si puo' utilizzare per risolvere molti problemi di ottimizzazione, in cui occorre trovare il minimo globale di una
     funzione definita sullo spazio delle configurazioni. Esempi: problema del commesso viaggiatore, double digest problem. 


2.  Studio di una particolare CM: "A Markovian model for cooperative interactions in proteins".
     Si tratta di una CM che descrive un modello per l'evoluzione cooperativa di macromolecole proteiche (folding proteico) in funzione di due
     parametri, uno dei quali e' legato al grado di cooperativita' tra le molecole, l'altro alle condizioni macroscopiche (PH, temperatura, etc.).
     Tale tipo di CM ha applicazioni anche in altri ambiti.
     Si chiede di scrivere un programma in un linguaggio a propria scelta (C++, Java, .....)  per studiare le proprieta' qualitative della CM
     (stati transitori, ricorrenti, stati assorbenti, ergodicita') in funzione dei due parametri del modello, ritrovando i risultati riportati nell'articolo.